Użytkownik logując się do systemu uruchamia tzw. powłokę. Jest to specjalny program mający na celu ułatwić jego komunikację z systemem. Ma ona wbudowane dużo poleceń ułatwiających prace jak również jest mocno konfigurowalna do potrzeb użytkownika. Istnieje bardzo dużo powłok, kilka najpopularniejszych to: bash (Borun Again Shell), ksh (Korn Shell), csh (C Shell). Oprócz poleceń powłoki do dyspozycji mamy również polecenia systemowe (standardowo dostępne w katalogu /bin, /usr/bin/ lub /usr/local/bin). Pozwalają one na operacje na plikach, katalogach, urządzeniach itp. Są to przeważnie programy napisane w C lub C++ albo innym języku skryptowym.