Podstawowym katalogiem w hierarchii jest katalog / czyli root (ang. korzeń). Od niego wywodzą się wszystkie dalsze. Ma to na celu wprowadzenie pewnego porządku.
Każdy katalog w katalogu głównym ma swoje historyczne i praktyczne umotywowanie, opis tego znajdziesz w tabeli poniżej.
| Katalog | Wielkość | Opis |
| /boot | do 10 MB | podstawowe programy potrzebne do uruchomienia systemu |
| /bin | średnio 7 MB | podstawowe programy użytkowe dostępne dla każdego użytkownika udostępniane przez system, |
| /dev | 0 MB (katalog specjalny) | pliki specjalne urządzeń: dysków, drukarek, terminali, konsoli itp. |
| /etc | ok. 10 – 20 MB | dane systemowe i pliki konfiguracyjne systemu i plików (np. pliki haseł), |
| /home | min 20 MB / użytkownik | katalog domowy użytkowników |
| /lib | binarne biblioteki programów (także moduły jądra) | |
| /opt | katalog dla oprogramowania nie pochodzącego z dystrybucji | |
| /proc | 0 MB (katalog specjalny) | wirtualny system plików, pozwala się komunikować w łatwy sposób z jądrem systemu |
| /root | prywatny katalog administratora systemu | |
| /sbin | do 10 MB | programy do administracji systemem dostępne tylko dla administratora |
| /tmp | pliki tymczasowe różnych programów | |
| /usr | od 50 MB do kilku GB | różne programy użytkowe, pliki nagłówkowe i biblioteki, dokumentacja systemu itp. |
| /var | od 20 MB | pliki tymczasowe systemu: logi z pracy systemu, poczta użytkownika, strony www, pliki baz danych itp. |